《杭锦旗扎萨克衙门档案》所辑入的档案为内蒙古档案馆、内蒙古社会科学院和鄂尔多斯市档案馆馆藏的清代和民国时期伊克昭盟杭锦旗札萨克衙门蒙古文档案。内容包含了该旗及伊克昭盟清朝和民国两个历史时期的政治、经济、军事、文化、宗教、天文历法等内容，是研究清代和民国时期内蒙古地区历史文化的弥足珍贵的原始文献。本书所辑如的档案是将上述三处所藏杭锦旗札萨克衙门蒙古文档案经过扫描处理后影印出版的，保持了档案的原貌。总卷数将达到90余册，目前已出版70册。2013年《杭锦旗札萨克衙门档案》被列入内蒙古民族文化建设研究工程项目。
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